Miroslav Srnka étudie la musicologie à l'Université Charles de Prague avec Jarmila Gabrielová de 1993 à 1999 et la composition à l'Académie des Arts de Prague avec Milan Slavický de 1998 à 2003. Par ailleurs ses études de composition le mènent à l'Université Humboldt de Berlin en 1995-1996, au Conservatoire national supérieur de musique de Paris en 2001 ainsi qu'à l'Ircam en 2002 et 2004 où il suit notamment l'enseignement d'Ivan Fedele et de Philippe Manoury.

Il est lauréat des Prix Gideon Klein en 2001, Leoš Janácek en 2004 (pour Tak klid., scènes orchestrales inspirées par les lettres de Leoš Janáček à Kamila Stösslová et Zdeňka Janáčková) et, en 2009, du Prix Ernst von Siemens pour Fan Faire, et celui de la Fondation Wilfried-Steinbrenner.

En 2005, Wall, opéra miniature d'après Jonathan Safran Foer, est créé à l'Opéra de Berlin. En 2006-2007, Miroslav Srnka est compositeur invité en résidence de l'Orchestre philharmonique du théâtre d'Heidelberg en Allemagne qui lui commande Reading Lessons et Kráter Brahms (2007). En 2011, son opéra de chambre Make No Noise est créé au Festival d'Opéra de Munich et sa pièce Jakub Flügelbunt (children's "comics"), au Semperoper de Dresde.

La reconnaissance internationale de Miroslav Srnka a lieu en 2016 avec son opéra South Pole créé au Bayerische Staatsoper de Munich sous la direction de Kirill Petrenko, dans une production de Hans Neuenfels mettant en scène Rolando Villazón et Thomas Hampson dans les rôles-titres.

Parmi ses commanditaires et interprètes figurent les plus prestigieux ensembles de la scène contemporaine européenne, tels que l'Ensemble Modern sous la direction de Matthias Pintscher et Franck Ollu, l'Ensemble intercontemporain, le Klangforum Wien, sous la direction de Sylvain Cambreling, l'Orchestre philharmonique de la BBC, la Staatskapelle de Dresde, la philharmonie Prague Modern et les solistes Peter Rundel, Petr Kotík, le Quatuor Arditti, le Zebra Trio, Claron McFadden, David Robertson, Annsi Karttunen, Magnus Lindberg, Dagmar Pecková, Eric Nielsen, Francesco Dillon, Emanuele Torquati, Jiří Bárta, Jana Boušková, Saar Berger, ainsi que des membres du Deutsches Symphonie Orchester Berlinet du Bayerisches Staatsorchester. Le compositeur entretient par ailleurs une relation de longue date avec le Quatuor Diotima, qui enregistre son CD monographique édité par Naïve en 2016.

Ses œuvres sont jouées entre autres aux festivals du Printemps de Prague, Musica à Strasbourg, Ultraschall Berlin, Wien Modern, Présences à Paris, Milano Musica, Münchener Opernfestspiele, Printemps des Arts de Monte-Carlo, Ostrava New Music Days, Contempuls.

En 2019, il est nommé professeur de composition à la Hochschule für Musik und Tanz de Cologne.